Corresponde a la Secretaría General la gestión económico-financiera, presupuestaria y de régimen interior, así como la dirección del personal. También es de su competencia la elaboración del anteproyecto del presupuesto del próximo ejercicio, y la elaboración de la Memoria de ejecución del programa elaborado por el organismo durante el ejercicio precedente.

Desempeña también todas aquellas actividades relacionadas con los aspectos legales y administrativos del CIS, y la Secretaría del Consejo Asesor.